益生菌雖然對大多數人有益，但某些風險群體應謹慎使用。免疫系統低下者、重症病患及近期接受手術者，均可能因益生菌引發感染或其他併發症。因此，這些人群在使用前應諮詢專業醫療意見，以確保安全。